世界仲裁中心由在香港登记注册的世界仲裁中心有限公司负责运营。世界仲裁中心有限公司董事会由一名董事长和若干名董事组成。世界仲裁中心有限公司为世界仲裁中心的运营提供资金和其他后勤支持，但不干预世界仲裁中心独立进行的仲裁事务。
世界仲裁中心设主席一名、秘书长一名、副秘书长若干名。中心主席依据中心制定的仲裁规则在仲裁员指定、仲裁员回避决定等方面履行职责。秘书长负责领导秘书处的日常工作，副秘书长协助秘书处工作。世界仲裁中心管理仲裁程序，不干预仲裁员和仲裁庭的独立裁判。依据仲裁规则指定或选定的仲裁员和组成的仲裁庭负责具体案件的审理和裁决工作。