世界仲裁中心设秘书处，秘书处负责对世界仲裁中心受理的案件进行程序管理。秘书处工作人员由中心在全球范围内符合资质的专业人士中择优聘任。对于中心受理的每一宗案件，中心均指派一名秘书担任案件经理，履行相应的管理职责。该管理职责包括但不限于接受咨询、审查立案、预收仲裁费用、案卷移送仲裁庭、与仲裁员联络、协助开庭和会议、送达仲裁文件、发送仲裁裁决书以及承担仲裁庭委派的其他行政事务性工作等。
秘书长领导秘书处的日常工作，并有权依据仲裁规则的规定作出相应的决定。
仲裁庭经当事人同意另行委任秘书的，中心指派的案件经理可以与仲裁庭秘书协同工作，具体参与案件管理的程度任由仲裁庭决定。